В конце 17 века Доминиканский орден в Аглоне основал монастырь и возвел первую деревянную церковь. Когда построенная в 1699 году церковь сгорела, на ее месте в период с 1768 по 1780 год было построенное каменное здание монастыря и современный храм. Отделка интерьера церкви осуществлялась в 18–19 века, а амвон, орган и скамья для исповеди – в конце 18 века.
В церкви сохранилась обширная коллекция картин, скульптур и ценных предметов искусства, в том числе знаменитая икона «Аглонская Чудотворная Богоматерь», открываемая лишь на религиозные праздники. Существует мнение, что картина обладает целительными свойствами. В 1993 году Аглонское святилище посетил Папа Римский Иоанн Павел II. Ради этого визита провели обширные работы по восстановлению храма и обустройству окружающей территории.
